Kế hoạch xâm lược Đại Việt của nhà Nguyên một lần nữa thất bại. Một số tướng lĩnh xuất sắc của nhà Nguyên đã chết, như Abaci, Ô Mã Nhi, Phàn Tiếp. Phần lớn chiến thuyền của quân Nguyên bị tiêu diệt hoặc bắt giữ. Số lượng binh sĩ tử trận là không nhỏ, đặc biệt là lực lượng thủy quân bị tiêu diệt gần như toàn bộ.

Riêng cánh quân Vân Nam của Aruq, sử cũ không ghi rõ kết cục. Trần Xuân Sinh phỏng đoán rằng đạo quân này theo ngược sông Hồng trở về Vân Nam, sau khi Thoát Hoan rời Vạn Kiếp. Nguyên sử chỉ ghi ngắn gọn: "Thoát Hoan lệnh cho A Lỗ (Aruq) rút về Vân Nam".[24]

Về phía Đại Việt, tuy đã làm phá sản kế hoạch xâm lược của quân Nguyên, nhưng nhiều tướng sỹ đã tử trận.